연세대학교 공공문제연구소는 연세대학교 행정학과 故 노정현 명예교수가 주도적으로 설립한 도시문제연구소를 전신으로 한다.

도시문제연구소는 1968년 12월에 설립된 우리나라 최초의 도시문제 연구기관으로, 급속한 근대화 과정에서 발생한 빈민들의 삶의 질을 제고하고 다양한 도시문제를 해결하여 지역사회 발전에 기여하는 것을 목적으로 하였다.